第一章 的内容有点扯淡，但放在此时已经有极大的进步性。即彻底摒弃鬼神之说，完全用唯物主义来阐述宇宙万物。
只不过他的唯物主义，还是元气、阴阳、五行、万物那一套。
他把阴阳五行通通给物化了，认为阴阳五行是看不见摸不着的某种物质。
次日，朱国祥在书院认真批注此书。
比如在宇宙构成那一章，朱国祥就批注道：此论极妙，然有待证实。未经证实之论，可视为一种假说加以研究。或正确，或谬误，或有错漏，读书人当加倍努力去伪存真。
还有一句批注最重要：此论我与皇帝早已提及，万物之理确可用数学体现。无法用数学体现者，非不能也，实当下学术不足所致。后人勉之。
其余章节，朱国祥皆用批注的形式来增补，比如他搜肠刮肚写出自己所知的经济学常识。
而且在教育章节，朱国祥首次公开写出认识论、方法论、矛盾论等观点。
“连同批注誊抄两份，一份寄给皇帝，一份送给陈公辅。”朱国祥收笔说道。
又过数日，朱国祥游览完茅山风景，前往南京坐船逆长江而行。
陈公辅拿到誊抄本，仔细阅读思考朱国祥的批注。
他看得惊叹连连，感慨道：“人皆称太上皇是当世尧舜，今日我总算是信了。惜乎当初不识明君，竟没有留在新朝做官！”